Profilování proteinové exprese

Publikace

Way L, Faktor J, Dvorakova P, Nicholson J, Vojtesek B, Graham D, Ball KL, Hupp T.Rearrangement of Mitochondrial Pyruvate Dehydrogenase Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase Protein-Protein Interactions by the MDM2 Ligand Nutlin-3. Proteomics 2016 [Epub ahead of print] (IF2015: 4,079)

Knizek, J., Bouchal, P., Pernikarova, V., Vojtesek, B., Nenutil, R., Beranek, L., Kuba, M. Tests of Hypotheses in a Set of LC-MS Profiles. International Journal of Engineering and Future Technology 2016;2(1):45-54. (bez IF)

Dvořáková, M., Jeřábková, J., Procházková, I., Lenčo, J., Nenutil, R., Bouchal, P. Transgelin is upregulated in stromal cells of lymph node positive breast cancerJ Proteomics 2016;132:103-111. (IF2014: 3,888)

Krejci, A., Hupp, T., Lexa, M., Vojtesek, B., Muller, P. Hammock: a hidden Markov model-based peptide clustering algorithm to identify 5 protein-interaction consensus motifs in large datasets. Bioinformatics 2016;32(1):9-16. (IF2014: 4,981)

Coufalova, D., Michalova, E., Vojtesek, B., Hernychova, L. Hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry and its utilization. Mil Med Sci Lett (Voj Zdrav Listy) 2015;84(4):146-151. (bez IF)

Pernikářová, V., Bouchal, P. Targeted proteomics of solid cancers: From quantification of known biomarkers towards reading the digital proteome maps. Expert Rev Proteomics 2015;12(6):651-667. (IF2014: 2,896)

Coufalová, D., Vojtěšek, B., Hernychová, L. Co může přinést studium oligomerizace proteinů v procesu onkogeneze? Klin Onkol 2015;28(Suppl 2):2S6-2S10. (bez IF)

Dvořáková, P., Nekulová, M., Holčáková, J., Vojtěšek, B., Hernychová, L. Analýza změn fosfoproteomu nádorové buněčné linie MDA- MB- 468 v odpovědi na expresi izoforem p63 pomocí hmotnostní spektrometrie. Klin Onkol 2015;28(Suppl 2):2S11-2S19. (bez IF)

Zahradníková, M., Vojtěšek, B., Hernychová, L. „Cukry zasahují“ aneb glykomika na poli nádorových biomarkerů. Klin Onkol 2015;28(Suppl 2):2S20-2S25. (bez IF)

Maryáš, J., Bouchal, P PDLIM2 a jeho role v onkogenezi – tumor supresor nebo onkoprotein?Klin Onkol 2015;28(Suppl 2):2S40-2S46. (bez IF)

Bouchal, P., Dvořáková, M., Roumeliotis, T., Bortlíček, Z., Ihnatová, I., Procházková, I., Ho, J.T.C., Maryáš, J., Imrichová, H., Budinská, E., Vyzula, R., Garbis, S.D., Vojtěšek, B., Nenutil, R. Combined Proteomics and Transcriptomics Identifies Carboxypeptidase B1 and Nuclear Factor κB (NF-κB) Associated Proteins as Putative Biomarkers of Metastasis in Low Grade Breast Cancer. Mol Cell Proteomics 2015;14(7):1814-1830. (IF2014: 6,564)

Hernychová, L., Dvořáková, P., Michalová, E., Vojtěšek, B. Kvantitativní hmotnostní spektrometrie a její využití v onkologii. Klin Onkol 2014;27(Suppl1):S98–S103. (Bez IF)

Dvořáková, P., Hernychová, L., Vojtěšek, B. Analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie.Klin Onkol 2014;27(Suppl1):S104–S109. (Bez IF)

Faktor, J., Michalová, E., Bouchal, P. p-SRM, SWATH a HRM – cílené proteomické přístupy na hmotnostním spektrometru TripleTOF 5600+ a jejich aplikace v onkologickém výzkumu. Klin Onkol 2014;27(Suppl1):S110–S115. (Bez IF)

Pjechová, M., Hernychová, L., Tomašec, P., Wilkinson, G.W., Vojtěšek, B. Analýza fosfoproteínov a signálnych dráh kvantitatívno-proteomickými metódami. Klin Onkol2014;27(Suppl1):S116–S120. (Bez IF)

Zahradníková, M., Hernychová, L., Vojtěšek, B., Novotný, M.V. Nové trendy ve studiu glykosylace proteinů u onkologických onemocnění. Klin Onkol 2014;27(Suppl1):S121–S128. (Bez IF)

Murray, E., Hernychova, L., Scigelova, M., Ho., J., Nekulova, M., O´Neill, J.R., Nenutil, R., Vesely, K., Dundas, S.R., Dhaliwal, C., Henderson, H., Hayward, R.L., Salter, D.M., Vojtesek., B., Hupp, T.R. Quantitative Proteomic Profiling of Pleiomorphic Human Sarcoma Identifies CLIC1 as a Dominant Pro-oncogenic Receptor Expressed in Diverse Sarcoma Types. J Proteome Res2014;13(5):2543–2559. (IF2013: 5,001)

Maryáš, J., Faktor, J., Dvořáková, M., Struhárová, I., Grell, P., Bouchal, P. Proteomics in investigation of cancer metastasis: Functional and clinical consequences and methodological challenges. Proteomics 2014;14(4-5):426-440. (IF2013: 3,973)

Dvorakova, M., Nenutil, R., Bouchal, P. Transgelins, cytoskeletal proteins implicated in different aspects of cancer development. Expert Rev Proteom 2014;11(2):149-165. (IF2012: 3,896) (IF2013: 3,542)

Knizek, J., Bouchal, P., Vojtesek, B., Nenutil, R., Beranek, L., Kuba, M., Tomsik, P. Regression algorithm for identification of biomarker areas in SELDI-TOF mass spectra. Int J Imag Robot2014;13(2):40-57.(bez IF)

Hernychova, L., Michalova, E., Vojtesek, B. Proteome analysis in biology. Folia Mendeliana2013;49(2):49-52. (Bez IF)

Hernychova, L., Man, P., Verma, C., Nicholson, J., Sharma C.A., Ruckova, E., Teo, J.Y., Ball, K., Vojtesek, B., Hupp, T.R. Identification of a second Nutlin-3 responsive interaction site in the N-terminal domain of MDM2 using hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry.Proteomics 2013;13(16):2512-2525. (IF2012: 4,132)

Bouchal, P., Dvorakova, M., Scherl, A., Garbis, S.D., Nenutil, R., Vojtesek, B. Intact protein profiling in breast cancer biomarker discovery: Protein identification issue and the solutions based on 3D protein separation, bottom-up and top-down mass spectrometry. Proteomics2013;13(7):1053-1058. (IF2012: 4,132)

Hernychova, L., Nekulova, M., Potesil, D., Michalova, E., Zdrahal, Z., Vojtesesk, B., Holcakova, J. A combined immunoprecipitation and mass spectrometric approach to determine ΔNp63-interacting partners. Klin Onkol 2012; 25(Suppl 2): 2S64–2S69. (bez IF)

Faktor, J., Dvorakova, M., Maryas, J., Struharova, I., Bouchal, P. Identification and characterisation of pro-metastatic targets, pathways and molecular complexes using a toolbox of proteomic technologies. Klin Onkol 2012; 25(Suppl 2): 2S70–2S77. (bez IF)

Bouchal, P., Jarkovsky, J., Hrazdilova, K., Dvorakova, M., Struharova, I., Hernychova, L., Damborsky, J., Sova, P., Vojtesek, B. The new platinum-based anticancer agent LA-12 induces Retinol-Binding Protein 4 in vivo. Proteome Sci 2011;9(1):68. (IF2011: 2,328)

Senitkova, I., Spidlova, P., Hernychova, L., Stulik, J. The disulfide bond formation and its relationship to bacterial pathogenicity of three important gram-negative bacteria. Mil Med Sci Lett (Voj Zdrav Listy) 2011;80:118-128. (bez IF)

Faktor, J., Struhárová, I., Fučíková, A., Hubálek, M., Vojtěšek, B., Bouchal, P. Kvantifikace proteinových biomarkerů pomocí hmotnostní spektrometrie pracující v režimu monitorování vybraných reakcí. Chem Listy 2011;105(11):846-850. (IF2011: 0,529)

Narayan, V., Halada, P., Hernychova, L., Chong, Y.P., Zakova, J., Hupp, T.R., Vojtesek, B., Ball. K.L. A multi-protein binding interface in an intrinsically disordered region of the tumour suppressor protein Interferon Regulatory Factor-1. J Biol Chem 2011;286(16):14291-14303. (IF2011: 4,773)



  • prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.

    prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.

    výzkumný pracovník - senior
    tel. +420 543 133 303

    Příprava vzorků pro hmotnostní spektrometrii (gel free a gel based přístupy), globální proteomika, komparativní proteomika, subproteomové analýzy, shotgun proteomika, kvantitativní proteomika (SILAC), analýza posttranslačně modifikovaných proteinů (fosforylace, glykosylace), analýza strukturních změn proteinových komplexů (H/D exchange hmotnostní spektrometrie).

  • Mgr. Jakub Faktor

    Mgr. Jakub Faktor

    Ph.D. student
    tel. +420 543 133 341

    Proteomika; biomarkery; proteiny buněčného povrchu; metastázování nádorů; hmotnostní spektrometrie; kvantifikace proteinů.

  • Mgr. Mariana Pjechová

    Mgr. Mariana Pjechová

    Ph.D. student
    tel. +420 543 133 341

    studium povrchových proteinů viru HCMV, phage display, proteomické a western blot analýzy proteinů

  • Prof. RNDr. Miloš Vlastislav Novotný,  DrSc, dr.h.c. mult.

    Prof. RNDr. Miloš Vlastislav Novotný, DrSc, dr.h.c. mult.

    výzkumný pracovník - senior
  • Mgr. Martina Zahradníková

    Mgr. Martina Zahradníková

    Ph.D. student
    tel. +420 543 133 341
  • Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

    Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

    výzkumný pracovník - senior
    tel. +420 543 136 703

    analýza vysokohustotních genomických a proteomických dat v translační onkologii se zaměřením na nádory kolorekta a prsu

  • Mgr. Michaela Galoczová

    Mgr. Michaela Galoczová

    Ph.D. student
    tel. +420 543 133 307

    proteomika, hmotnostní spektrometrie, kultivace buněčných linií, manipulace s hladinami cílových proteinů metodami molekulární biologie, western-blot analýzy

  • Mgr. Pavlína Zatloukalová,  Ph.D.

    Mgr. Pavlína Zatloukalová, Ph.D.

    výzkumný pracovník - junior
    tel. +420 543 133 308
  • Prof. Theodore Robert Hupp

    Prof. Theodore Robert Hupp

    výzkumný pracovník - senior

Molekulární onkologie pro 21. století

Přihlášení

Přihlášení