Příprava vzorků pro hmotnostní spektrometrii (gel free a gel based přístupy), globální proteomika, komparativní proteomika, subproteomové analýzy, shotgun proteomika, kvantitativní proteomika (SILAC), analýza posttranslačně modifikovaných proteinů (fosforylace, glykosylace), analýza strukturních změn proteinových komplexů (H/D exchange hmotnostní spektrometrie).
výzkum souvislostí mezi předpokládanými markery kmenových buněk a rezistencí k běžným terapiím s cílem identifikace alternativních markerů buněčných populací primárních nádorů rezistentních k terapii a nalezením odpovědí na následující otázky:
1. Jaké jsou rozdíly v dráhách účastnících se rozpoznání, reparace a odpovědi na poškození DNA u nádorových buněk s vlastnostmi kmenových buněk?
2. Jakou roli hraje protein epiteliálních kmenových buněk, delNp63, v udržování epiteliálních nádorových kmenových buněk a ovlivnění jejich odpovědi na terapii?
3. Mohou nádorové kmenové buňky predikovat odpověď nebo selhání léčby primárních lidských nádorů?
Molekulární a buněčná biologie se zaměřením na biologii nádorové buňky. Identifikaci a validaci nových nádorových biomarkerů, studium úlohy proteinů rodiny Anterior gradient.
Odborné zaměření
• Alterace chaperonů u nádorových buněk
• Nádorový supresor p53
• Folding a degradace proteinů
• Buněčný stres a signalizace
Metodické přístupy
• Klonování genů, exprese v prokarytickém a eukaryotickém systému
• Produkce a purifikace rekombinantních proteinů
• Analýza protein-proteinových interakcí (imunoprecipitace, pahge display)
• Design antigenu, peptidů a rekombinantních proteinů
• Vývoj a charakterizace protilátek, jejich purifikace a modifikace
• Analýza genové exprese (real time PCR, immunobloting, imunohistochemie)
• Strukturální analýza buňky, imunofluorescence, in vivo imaging
• Flowcytometrie
bioinformatika
elektroanalytické metody v biomedicíně a molekulární onkologii; studium elektrochemického chování DNA, RNA a bílkovin; detekce mikroRNA; analýza interakce protein-ligand
proteomika, hmotnostní spektrometrie, kultivace buněčných linií, manipulace s hladinami cílových proteinů metodami molekulární biologie, western-blot analýzy
Základní metody molekulární biologie: purifikace nukleových kyselin, metody založené na PCR, westernový přenos, imunohistochemické barvení.
Základní metody molekulární biologie: kultivace tkáňových kultur, westernový přenos, imunochemické metody, purifikace plazmidů a proteinů.
Základní metody molekulární biologie: westernový přenos, izolace nukleových kyselin, tkáňové a bakteriální kultury, purifikace plazmidů a proteinů.